Со дня окончания Пятой войны за Святой Грааль прошёл почти год. Широ, как и прежде ходит в старшую школу Хомураба Гакуэн. Благодаря помощи Рин (сосредоточения Мирового Зла по версии Рюудо Иссея) его познания в магии значительно углубились. Сакура, как и прежде, живёт вместе с дедушкой и братом. Несмотря на тяжёлые ранения, полученные от Берсеркера, Синдзи всё же остался жив, хотя и по сей день не смог полностью от них оправиться. Слабость слегка поубавила в нём спеси и заставила лучше относиться к Сакуре (примерно на сотую долю процента), которая ухаживала за ним всё это время. Илия в сопровождении своих служанок вернулась в Европу и теперь живёт так, как и должен жить ребёнок её возраста, изучая вместе со школьными предметами магию и занимаясь танцами.
Несмотря на многочисленные обращения Тосаки Рин к Ассоциации магов, устройство призыва Грааля всё ещё не демонтировали, что периодически вызывает ворчание и смутное беспокойство у хозяйки города. Предчувствие, что всё может повториться вновь…
В воскресное утро 5-ого сентября 2005 года и начинается наша история.